هناك العديد من الصعوبات والمشكلات التي تواجه عملية الدمج وتعطل تطبيقها، ومن المهم جدا على المختص إدراكها وتفهم الأسباب التي تقف وراءها وذلك بغية العمل على تجاوزها وحلها بالطرق الامثل المناسبة والتي تتماشى مع مصالح الطفل ومن أهم المشكلات الأكثر إنتشارا مايلي:
- عدم قدرة بعض الأطفال ذوي الاحتياجات الخاصة على الوصول لمدارسهم بأنفسهم سواء بسبب الإعاقة أو لبعد المسافة عن المدرسة.
- رفض بعض المدراس العادية قبول الأطفال ذوي الاحتياجات الخاصة أو بعض الأنواع من الإعاقات خشية عدم القدرة على التفاعل معهم وتحمل مسؤوليتهم، أو بحجة أنهم يزعجون أقرانهم.
- عدم كفاية النصائح المقدمة للأهل الطفل ذو الاحتياجات الخاصة فيما يتعلق بعملية الدمج وما يرتبط بها من شروط فالكثير من الأهالي لايتفهمون التوجيه المناسب واللازم لإيجاد المكان المناسب لأطفالهم.
- المعاملة غير المرضية للأطفال ذوي الاحتياجات الخاصة في المدارس العادية مثل التجاهل، التنمر، الإهمال، الاستغلال
- عدم جاهزية النظام التعليمي العادي من حيث تصميم وتخطيط المدرسة والأدوات اللازمة
- عدم توفر معرفة كافية لدي المدرسين حول كيفية التعامل والتكيف مع الاطفال ذوي الاحتياجات الخاصة
- اساءه بعض الاطفال العاديين المعاملة مع الأطفال ذوي الاحتياجات الخاصة
- في بعض الأحيان تقلق الأفعال الصادرة عن ذوي الاحتياجات الخاصة الأطفال العاديين والمعلمين والأولياء مما يؤدي إلى صعوبة تقبلهم.