Le FOS se charge plutôt d’un public homogène (c’est-à-dire de la même spécialité), tandis que le FOU prend en charge un ensemble d’étudiants de différentes disciplines et de niveaux hétérogènes. Lors d’une formation de FOU, nous retrouverons un lexique transversal, commun à plusieurs filières, car l’objectif unique de la formation est d’amener l’étudiant à pouvoir suivre ses cours en le munissant de certaines compétences précises communes et nécessaires à l’apprentissage au supérieur : comme prendre des notes, répondre à une problématique, rédiger une conclusion, etc.
Ensuite, le FOS traite le côté académique comme l’aspect professionnel, ce qui n’est pas le cas pour le FOU qui se limite à l’aspect académique, c’est-à-dire uniquement à ce qui touche la vie universitaire et ne dépasse pas ce cadre.
Quant à la méthodologie enfin, le FOU s’inspire énormément du FOS à quelques différences près, certaines étapes ne sont pas nécessaires au FOU car son domaine d’investigation est bien limité comparé au FOS.