تواجه الجزائر العديد من التحديات في مجال الادارة الالكترونية ، منها :
1. البنية التحتية : تحتاج البنية التحتية للاتصالات الى تحسينات كبيرة لدعم النمو المستمر في الاستخدام الالكتروني.
2. التدريب والمهارات : هناك حاجة ملحة لتدريب الموظفين على استخدام التكنولوجيا الحديثة وتطبيقات الإدارة الإلكترونية .
3. الامان والخصوصية : يعتبر الامان وخصوصية البيانات واحدة من أكبر التحديات ،خاصة مع زيادة الهجمات الالكترونية.
4. التكاليف : تكاليف تبني وتطوير الادارة الالكترونية قد تكون مرتفعة وتؤثر على الشركات الصغيرة والمتوسطة .
5. التنوع الثقافي : تنوع الثقافة و اللغة يمكن ان يؤثر على تبني واستخدام النظم الالكترونية بشكل فعال .