تطرح إشكالية حول ما إذا كان الفكر هو الذي يؤثر على المنهج ويحدده أم أن المنهج هو الذي يؤثر على الفكر
نتج عن هذه الإشكالية ظهور اتجاهين متناقضين هما:
:الرأي الأول: تأثير الفكر على المنهج
يرى هذا الاتجاه أن الفكر هو الذي يؤثر على المنهج ويستدلوا على ذلك بعدة حجج هي :
-الفكر أوسع من المنهج، فالفكر عبارة عن كل المعرف والثقافات المختلفة والمتنوعة، في حين أن المنهج هو عبارة عن أداة تنظيم تلك المعارف والثقافات.
- إن المنهج ما هو إلا نتاج للفكر، فالفكر هو الذي وضع لنا منهج في مجال البحث العلمي، ومن ثم ، فإن الفكر أسبق في الوجود من المنهج .
:الرأي الثاني: تأثير المنهج على الفكر
يرى أصحاب هذا الاتجاه أن المنهج يؤثر في الفكر تأثيرا مماثلا لتأثير الفكر في المنهج ، وهذا التأثير يظهر في النقاط التالية :
- إن المنهج هو المنظم لأفكارنا، فلولا وجود المنهج لكنا أمام أفكار مبعثرة .
- إنإتباع منهج معين في البحث هو الذي يمكننا من إيصال معلوماتنا للآخرين، إذن على الباحث أن يتبع منهج واضح في بحثه.